Надо ж было на кого-то взлом протокола свалить

Не уверен, что дело только во "взломе протоколов"
Стоит просто задуматься над вопросом - а почему Скайп практически бесплатный?
Всё для меня, любимого?
Даже не смешно...
Просто поищите в том же Гугле - какие "на самом деле" задачи выпоняет Скайп (у тысяч юзеров сидящий в автозагрузке - по умолчанию).
Или какой-нибудь файерволл поставьте и последите за сетевой активностью вашего компа - и вам будет достаточно. Это инструмент для создания десятков тысяч мини-шлюзов для обмена трафиком.
Думаю, что где-то именно в этих, незадекларированных функциях что-то и сбойнуло.

P.S.
Тем паче, что продали-то, насколько мне известно, без исходников, т.е. без доступа к внутренним кодам. Вот и бодаются...

Вряд ли это как-то связано с M$ :-) Скайп падал и без того в декабре 2010, январе 2010, в мае 2011. Вообще же, прошло слишком мало времени (меньше месяца) с момента анонсирования покупки, чтобы влияние M$ на скайп было хоть в малейшей степени существенным.